分子遺傳學
在探討同性戀是否受基因影響，或是影響程度如何的問題時， 我們看過幾項研究，以傳統遺傳學方法估計某種特徵（如性傾向）之遺傳值，但這種方法，其實並非找出與該特徵相關的特定基因。[47]探討基因問題其實另有 一法，稱為分子遺傳學，可以推斷某個基因變數是否與某種特徵相關，包括生理及行為特徵。
為同性戀找出特定基因基礎的一次較早期嘗試，是基因 學者Dean Hamer等於1993年對40對同性戀兄弟所做研究。[48]研究員檢視這些同性戀者的同性戀家族史，認為X染色體中Xq28段可能與男同性戀有關。如 此具影響力之研究，後來也有人試過重演，但結果混亂：George Rice等嘗試重演但得不出Hamer同樣的結果；[49]雖然Alan R. Sanders等於2015年以更大樣本－409對同性戀兄弟－成功重演Hamer之原初發現，但同時找到其他可能有關的基因段落。[50]（但因效果太 小，該段基因預估同性戀傾向之作用不大。）
如上述等基因關聯研究，是從遺傳模式嘗試找出某種特徵之關聯染色體段落，而今日方法之一，是全基 因組關聯研究（genome-wide association study），用染色體序列技術辨認可能與某種特徵有關染色體別異。科學家檢查呈某種特徵之大批人口數以百萬計基因變數，亦檢查沒此種特徵人口之基因，比 較兩者基因變數頻率之異同，從帶有該特徵人口較常呈現之基因變數，推斷出關聯基因。近年全基因組關聯研究愈趨流行，但鮮有科學研究找到與同性戀傾向關聯之 基因變數。其中最大研究，從2012美國人類基因會年會（American Society of Human Genetics）23與我（23andMe）數據庫取樣，對象涵蓋超過23,000人，但找不到具全基因組關聯研究意義的「同性戀傾向」關聯基因，不論 是男性還是女性。
這裡再次顯明，所謂「同性戀具基因基礎」之說，其「證據」不一致，亦不算周密，這意味著，即使遺傳因素可解釋性傾向之部份變數，但論到成因，則其影響力不強；就算有，也不具決定性。
其 實人類行為傾向往往如是－同性戀傾向或行為，基因確可能是成因之一，但其表顯則通常受環境因素影響－相同基因在不同環境下，表顯會不同。因此，就算同性戀 成因真有其基因元素，但人的戀慕傾向亦受多個環境因素影響，諸如社會壓力，身體或情感受侵害，或曾遭性侵，當然還有個人意願；研究考慮要周全，方能為性愛 意向、戀慕心及性慾望之成因，歸結全貌。
